A agência criptozoológica, Monarch, segue sua luta de proteção da humanidade conforme monstros de proporções divinas travam uma batalha épica destruindo tudo ao seu redor. Godzilla reemerge das profundezas do pacífico para lutar contra contra a mariposa gigante Mothra, o pterossauro Rodan, e seu maior rival, o dragão de três cabeças Rei Ghidorah. Quando esses deres ancestrais, antes consideradas apenas mitos, se erguem novamente, a própria existência da humanidade fica ameaçada.