Hellboy (Ron Perlman), Liz Sherman (Selma Blair) e Abe Sapien (Doug Jones) seguem trabalhando para a Agência de Pesquisa e Defesa Paranormais. Apesar dos constantes avisos para não se expôr ao público, Hellboy permite que seja flagrado pela TV. Isto faz com que ele e a agência fiquem famosos, o que permite que ajam à luz do dia e sem se esconderem sempre.

Para coordenar a nova fase da agência é chamado Johann Krauss (James Dodd / John Alexander), com quem Hellboy enfrenta problemas por não respeitar suas ordens. Paralelamente uma antiga trégua existente entre a humanidade e os filhos da Terra é rompida, quando o príncipe Nuada (Luke Goss) resolve reunir os fragmentos de uma coroa para trazer à vida o exército dourado, composto por máquinas assassinas aparentemente indestrutíveis.