Baseado na obra de Philip Roth, a história de Indignação se passa em 1951, época em que Marcus Messner (Logan Lerman), um brilhante estudante judeu de Newark, Nova Jersey, viaja para aproveitar uma bolsa de estudo em uma pequena — e conservadora — faculdade em Ohio, de modo que ele consegue se isentar de servir na Guerra da Coreia.

Acontece que, ao chegar lá, Marcus acaba caindo nas graças da bela colega de classe Olivia Hutton (Sarah Gadon), porém ele acaba dando de frente com o reitor Hawes Caudwell (Tracy Letts), que coloca os planos dos dois em uma difícil situação. Uma verdadeira luta contra a repressão sexual e a desafeição cultural.