O ano é 1944, o quinto ano de paz. Nessa época, acompanhamos a apaixonante viagem de Ofélia (Ivana Baquero), uma garota de 13 anos que, junto com sua mãe, Carmen (Ariadna Gil), que está no final da gravidez, se muda para uma cidade do interior onde se encontra, em destaque, Vidal (Sergi Lopez), um cruel capitão do exército Franquista, novo marido de Carmen e por quem Ofélia não sente nenhum afeto.

Uma noite, Ofélia descobre que as ruínas de um labirinto onde se encontra com um fauno (Doug Jones), uma estranha criatura que lhe faz uma incrível revelação: Ofélia é, na realidade, uma princesa, a última de sua estirpe, aquela que todos passaram muito tempo esperando. E para regressar ao seu reino mágico, ela deverá passar por três provas antes da lua cheia.