Na sequência da comédia de sucesso de bilheteria e indicada ao Oscar® da DreamWorks Animation, os irmãos Templeton - Tim e seu irmãozinho Boss Baby Ted - se tornaram adultos e se afastaram um do outro. Tim agora é um pai casado que fica em casa. Ted é um CEO. Mas um novo chefe com uma abordagem de vanguarda e uma atitude positiva está prestes a reuni-los novamente... e inspirar uma nova empresa familiar.

Tim e sua esposa, Carol, a ganha-pão da família, vivem nos subúrbios com sua filha superinteligente de 7 anos, Tabitha, e a adorável nova criança Tina. Tabitha, que está no topo de sua classe no prestigioso Acorn Center for Advanced Childhood, idolatra seu tio Ted e quer se tornar como ele, mas Tim, ainda em contato com sua imaginação jovem e hiperativa, teme que ela esteja trabalhando demais e esteja perdendo uma infância normal.

Quando o bebê Tina revela que ela é uma agente ultrassecreto da BabyCorp em uma missão para descobrir os segredos obscuros por trás da escola de Tabitha e seu misterioso fundador, Dr. Erwin Armstrong, reunirá os irmãos Templeton de maneiras inesperadas, levando-os a reavaliar o significado da família e descobrir o que realmente importa.