O tempo passou e Lavagirl e Sharkboy cresceram, formaram uma família e estão de volta num novo filme. Uma nova geração de heróis está por vir.

Quando invasores alienígenas sequestram os super-heróis da Terra, seus filhos são levados para uma casa segura do governo. Mas a esperta adolescente Missy Moreno não vai parar por nada para resgatar seu pai super-herói, Marcus Moreno. Missy se junta ao resto dos super-filhos para escapar de sua misteriosa babá do governo, a Sra. Granada. Se eles vão salvar seus pais, eles terão que trabalhar juntos usando seus poderes individuais e formar uma equipe de outro mundo.