Em Coolsvile, Ohio, quatro adolescentes se envolvem numa discussão no ônibus escolar e são mandados para a detenção do colégio. Salsicha é um nerd desajeitado, que tentou entrar com seu cão Scooby-doo na condução escolar, Fred Jones é um atleta do time de futebol americano, Velma Dinkley é uma estudante de ciências dedicada e Daphne Blake é do grupo de teatro. Eles percebem que tem um interesse em comum: os mistérios sobrenaturais. Durante o período de detenção na biblioteca da escola, dois fantasmas aparecem e começam a perseguir o grupo. É assim que se forma a Mistério S.A. Os quatro amigos e seu inseparável cão Scooby vão se envolver em muitas aventuras.