Dois padres jesuítas, Sebastião Rodrigues (Andrew Garfield) e Francisco Garupe (Adam Driver), são enviados ao Japão do século XVII à procura do seu mentor desaparecido (Liam Neeson). Com o país fechado ao mundo exterior, e o Catolicismo proibido, eles enfrentarão perseguição e violência em uma jornada de resgates e descobertas espirituais.