Depois dos acontecimentos de "Sonic - O Filme", Sonic (Ben Schwartz) estabelece sua casa em Green Hills e está ansioso para provar que tem o que é necessário para se tornar um verdadeiro herói. Seu teste começa quando o Dr. Robotnik (Jim Carrey) retorna com um novo parceiro, Knuckles (Idris Elba), em busca de uma esmeralda que tem o poder de destruir civilizações. Sonic então faz uma parceria com Tails (Colleen O'Shaughnessey) e juntos embarcam em uma jornada para encontrar  a esmeralda antes que ela caia em mãos erradas.