Dez anos após a invasão de Naboo, a galáxia está à beira de uma guerra civil. Sob a liderança de um Jedi renegado chamado Conde Dookan (Christopher Lee), milhares de sistemas solares ameaçam se separar da República Galáctica.

Após uma tentativa de assassinato contra a senadora Padmé Amidala (Natalie Portman), a antiga rainha de Naboo, o aprendiz Jedi Anakin Skywalker (Hayden Christensen), de 20 anos de idade, é designado como seu protetor.

No decorrer de sua missão, Anakin descobre seu amor por Padmé, além de seu próprio lado sombrio. Logo, Anakin, Padmé e Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor) se envolvem no cerne do movimento separatista e no começo das Guerras Clônicas.