Um professor japonês do folclore nomeado professor Sakai abre um livro e proibido se torna possuído pelos demônios japoneses antigos do Trovão e Relâmpago, que buscam retorno e convocar seus irmãos, os dragões, a dominar o mundo humano. O Bureau of Paranormal Research and Defence é trazida em Sakai após atacar um dos seus associados. Hellboy e uma equipe de agentes para investigar o homem possuído de fúria, mas quando Hellboy pega uma misteriosa espada samurai, ele desaparece em um paraíso estranho da mitologia japonesa.